Официально государственный флаг описан как прямоугольное полотнище, состоящее из трех горизонтально расположенных цветных полос: верхняя полоса флага небесно-синего цвета, средняя полоса - черного, а нижняя полоса - белого цвета. Соотношение ширины и длины не имеет принципиального значения, но зафиксировано как 7:11. Обычный размер 105:165 сантиметров. В отношении точности цвета черный и белый не представляют проблемы. Синий определен по шкале цветов Пантона как 285 С. Обычно его называют васильково-синим.

Если герб возник в Эстонии во времена иноземного правления, то синий, черный и белый как национальные цвета появились значительно позже и тесно связаны с традицией эстонского народа. Они возникли в конце XIX века. В то время Балтийские государства, Финляндия и большая часть Польши были под властью царя. Этот период известен как эпоха Национального пробуждения. Цвета были выбраны группой молодых интеллектуалов в 1881 г. первоначально флаг был символом Эстонского студенческого общества, но вскоре стал использоваться значительно шире. С тех пор значение трех цветов объяснялось по-разному. Одно из наиболее популярных объяснений заимствовано из современного стихотворения Мартина Липпа. Синий цвет - это цвет небосвода над родной землей. Черный цвет символизирует преданность родной земле и судьбе Эстонии - веками черной от бед. Белый символизирует трудолюбие и другие, более абстрактные человеческие ценности. Своей популярностью это толкование обязано музыке, сочиненной композитором энном Вырком, который создал высокопатриотическую песню на слова Мартина Липпа, занимающую едва ли не второе место после национального гимна. Как и во многих других странах, для эстонских национальных цветов существует историческая метафора. Синий в этом случае представляет древнюю свободу, черный символизирует утрату независимости, а белый обещает светлое будущее. Визуально эти три цвета создают чувство северной свежести и прохлады, поскольку здесь нет ни одного "теплого" цвета. Такое сочетание цветов уникально, оно не используется ни в каком другом национальном триколоре. К концу XIX века соединение синего, черного и белого стало восприниматься как национальный эстонский флаг. Поэтому для знаков отличия Национальной армии во время Освободительной войны выбор естественно пал на эти цвета. Когда флаг был поднят над башней Длинный Герман, самой высокой в Таллинне, то и сама башня приобрела огромное символическое значение для эстонцев. Развевающийся над башней флаг всегда оповещал о том, какая власть в стране. 27 июня 1922 Парламент Эстонии официально утвердил сине-черно-белый флаг.