Kassari mõis (saksa k Kassar) loodi Vaemla mõisast eraldamise teel 18. sajandi algul. Alates loomisest kuni 1919. aasta võõrandamiseni kuulus mõis von Stackelbergidele. Mõisa viimane võõrandamiseelne omanik oli Justus von Stackelberg.

Mõisa peahoone oli ühekorruseline puitehitis 18. sajandist. Enamik kõrvalhooneid paiknes peahoone lähedses, mitmed neist ümber üeahoone esise auringi. Viljakuivati asus 200 meetrit mõisasüdamest lõunas ning hollandi stiilis tuulik samapalju mõisast idas.

Mõisa peahoone põles maha 1920tel aastatel. Meie päevini on säilinud mitmeid kõrvalhooneid. Pikas kivist ühekorruselises valitsejamajas asub Hiiumaa Muuseum.

Kassari saare ühendus Hiiumaaga oli ajalooliselt teistsugune kui praegu. Kassari-Vaemla tamm ehitati alles 1860tel aastatel, varem käis ühendus Kassari kirdetipust läbi madala Vaemla lahe Hiiu-Suuremõisa suunas. Seetõttu kuulus Kassari mõis ka Pühalepa kihelkonda, mitte Käina kihelkonda nagu ülejäänud ümbruskonna alad.

Suhteline eraldatus tingis Kassarisse eraldi kiriku (kabeli) ehitamise. Praegune Kassari kabeliks kutsutav väike kivikirik on ehitatud Pühalepa abikirikuna 1801. aastal. Väike rookatusega kivikirik mõjub hoolimata oma ehitusajast väga vana ja arhailisena. Kirik asub Kassari mõisast 3,5 kilomeetrit kirdes, sealtkaudu kulges ka ajalooline Suuremõisa suunduv ühendustee.

Ajaloolise jaotuse järgi Läänemaale Pühalepa kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Hiiumaale Käina valla territooriumile.