Habaja mõis (saksa k Habbat) loodi 1646. aastal, mil ta eraldati Vana-Harmi mõisast. 18. sajandi teisel poolel kuulus mõis Ungern-Sternbergidele, kelle käest ta üsna pea siirdus Moritz Wilhelm von Pistohlkorsi kätte. 1790. aastal omandas mõisa Bernhard Heinrich von zur Mühlen. Suure osa 19. sajandist oli mõis Hunniuste perekonna valduses, kelle kätte ta jäi kuni 1939. aasta võõrandamiseni.

Mõisa peahoone on ühekorruseline arhailise vanabalti planeeringuga puitehitis. Hoone on algsel kujul ehitatud arvatavasti 18. sajandi teisel poolel; seda iseloomustab kõrge kelpkatus, fassaadil paiknevad paarisaknad ning kaks mantelkorstent. 19. sajandil lisati ta otstesse põhiosast veidi kitsamad tiibhooned.

Peahoone esist piklikku väljakut ääristasid ühest küljest ait ja kuivati, teisest küljest aga tall ning valitsejamaja. Suur osa majandushooneid - karjakastell, riistakuur, töölistemaja, viinavabrik jms - paiknes peahoonest ja väikesest pargist lõuna pool. Veelgi rohkem lõunas, Kuimetsa suunduva tee lähedal asub hollandi stiilis tuulik.

Mõisasüdant läbis (ja läbib praegugi) Kose-Kuimetsa-Rapla maantee, mis peahoone juures kulgeb selle esise auringi läänepoolset serva pidi.

Valdav enamik mõisa hoonetest - sh peahoone - on säilinud meie päevini. Peahoone seisab viimased aastad küll tühjalt ning on 2000te aastate algul veidi rüüstatud. Hoone on 20. sajandi teisel poolel, mil ta oli kasutusel majandikontorina, kaotanud ka oma sisemise planeeringu ja interjöörid. Suur osa kõrvalhooneid on säilinud algsel või enam-vähem algsel kujul. Vaid valitsejamaja kohal asub 20. sajandil püstitatud kahekorruseline hoone, milles on võib-olla kasutatud valitsejamaja müüre. Osa kunagise peaväljaku äärseid hooneid on sobimatu taraga eraldatud.

Mõisasüdame vahetusse lähedusse on 20. sajandil püstitatud arvukalt uusehitusi, millega Habaja on muutunud arvestatavaks maa-asulaks.

Ajaloolise jaotuse järgi Harjumaale Kose kihelkonda kuulunud mõis jääb kaasajal Harjumaale Kõue valla territooriumile.